Auparavant, la ville se nommait Chavagnat. Elle fut évoquée sous plusieurs termes au gré des siècles : Cavaniacus (XIe siècle), Chavaigniacus (XIe siècle), Chavaniacus (XIe siècle), Chavaignes-sus-Veila (XIIIe siècle), Chavaigneu (XIVe siècle), Chavagnia-supra-Velam (XIVe siècle), Chavaignia (XVe siècle), Sanctus-Johannes-supra-Velam (XVe siècle), Chavania (XVIe siècle), Sainct-Jehan-des-Advantures (XVIe siècle) ou encore Saint-Jean-des-Aventures (XVIIe siècle). Durant la Révolution, la commune prend le nom de Chavagnat-sur-Veyle voire Jean-sur-Veyle avant de prendre sa dénomination actuelle en 1806.

Le village était dépendant du comté de Pont-de-Veyle, du bailliage, de l’élection et de la subdélégation de Bourg, ainsi que du mandement de Pont-de-Veyle.
L’église de Saint-Jean-sur-Veyle est placée sous le vocable de Saint-Jean-Baptiste. Elle prend le statut d’église paroissiale au XVIIe siècle aux dépens de celle de Chavagnat. Elle est inscrite au titre des Monuments historiques depuis 1965.

Saint-Jean-sur-Veyle est le berceau de François Leguat (vers 1637-1735), explorateur et écrivain protestant. Exilé en Hollande en 1689, il fait partie d’une expédition visant à coloniser l’île de Mascareigne (île de la Réunion actuelle) par onze réfugiés huguenots. Leur voyage est finalement détourné sur l’île Rodrigues. Abandonnés, ils quittent l’île près de deux années plus tard et rejoignent l’île Maurice en 1693 où ils sont emprisonnés. Ils sont ensuite conduits à Batavia (Jakarta actuelle) en 1696 puis reviennent, à seulement trois membres d’équipage, en Europe en 1698. Domicilié à Londres, où il décède en 1735, il y rédige son ouvrage Voyage et avantures de François Leguat & de ses compagnons en deux isles désertes des Indes orientales, avec la relation des choses les plus remarquables qu’ils ont observées dans l’Isle Maurice, à Batavia, au Cap de Bonne-Espérance, dans l’isle de St. Hélène & en d’autres endroits de leur route, imprimé en 1708.