Avant l’arrivée de Jules César en Gaule, il existe une bourgade gauloise non loin de la jonction des deux rivières du Cône et de la Reyssouze. Vers l’an 20 avant notre ère, les Romains s’installent dans la région et profitent de la colline dominant la vallée pour y construire une forteresse. Ils remplacent la primitive citée gauloise par une cité romaine. Cette dernière est certainement incendiée entre 250 et 280 durant les grandes invasions. Vers 480, le peuple des Burgondes, venant des rivages de l’Oder et de la Vistule, envahit la région jusqu’aux rivages du Léman et du Rhône, et en prend possession.

En 927, l’évêque de Mâcon, saint Gérard, décide de se retirer dans la forêt de Brou et y fonde un prieuré.

En mars 1251, Guy de Bagé, seigneur de Bresse, accorde à Bourg-en-Bresse sa première charte de franchise. Celle-ci définit les obligations de la population locale vis-à-vis de son seigneur, et vice-versa. Elle fait de Bourg une cité bien « assise » et bien fondée.

En 1272, Bourg devient une cité de Savoie, grâce au mariage de Sybille de Bagé, héritière du seigneur de Bresse, et d’Amédée de Savoie, futur comte Amédée V. Bourg devient alors rapidement un puissant chef-lieu, et une « capitale » pour certaines affaires.

Au XVIème siècle, la ville bénéficie de trente ans de paix et de prospérité grâce à Marguerite d’Autriche, duchesse douairière de Bresse. Celle-ci fait construire l’église et le monastère royal de Brou pour servir de mausolée à son mari le duc Philibert de Savoie.

Entre 1536 et 1559, Bourg-en-Bresse devient française par conquête de François Ier. L’installation des armées royales en ses murs est vécue comme une véritable « occupation ». Les rois de France font renforcer et développer les fortifications de la ville par l’ajout de bastions. Ces travaux sont financés par de lourds impôts qui pèsent sur la population, au point que la construction de la collégiale Notre-Dame est interrompue.

Le 3 avril 1559, le traité de Cateau-Cambrésis est signé entre Henri II, roi de France, et Philippe II, roi d’Espagne : celui-ci met fin aux guerres d’Italie, et rend la Bresse à la Savoie.

Le 17 janvier 1601, les ambassadeurs du roi de France, Henri IV, et ceux du duc de Savoie, Charles-Emmanuel, signent le traité de Lyon. Celui-ci permet à la France d’acquérir définitivement les provinces de Bresse, du Bugey, du Valromey et le Pays de Gex, en échange du marquisat de Saluces, actuellement en Italie, près de Nice. Bourg-en-Bresse est alors rattaché administrativement à l’Intendance de Bourgogne, tout en restant capitale de la Bresse.

A partir de 1771, Bourg-en-Bresse change sa physionomie. La ville bouche ses fossés, abat ses murailles, démantèle ses tours, détruit certaine maisons pour pouvoir aligner ses rues. Les glacis et les terrains vagues font place à des jardins et des habitations. Les bastions de François Ier deviennent des promenades. Les chemins de ronde se transforment en grands boulevards. La ville finit par remplacer tous ses édifices publics (hôtel de ville, grenette, abattoirs, théâtre et hôpital) par des bâtiments neufs.

A partir des années 1850, le progrès permet à Bourg de bénéficier de nombreuses transformations. Le chemin de fer obtient droit de cité. De nouvelles routes et une avenue pénétrante sont créées, alors que les ruelles sombres et étroites sont complètement détruites. La ville se dote d’une poste. Des immeubles « bourgeois » sont construits. L’industrie commence à s’installer mais il faudra attendre le XXème siècle pour voir l’arrivée de fabriques importantes et de grandes surfaces : Berlier, Tréfilerie-câblerie de Bourg, Câbles de Lyon et Martin-Belaysoud s’implantent en ville ou en périphérie.